微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有機肥嚴格，有特定的施用要求。使用時要注意施用條件，選擇適合當地相應作物的微生物肥料，因為微生物肥料中的活菌發揮作用是有條件的，某一種微生物肥料并非適用于所有地區、所有土壤和所有作物?？傊獓栏癜凑债a品說明書使用，否則難以獲得良好的使用效果。施用中應注意以下七點：

一、微生物肥料對土壤條件要求相對比較嚴格，施入到土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后可以發揮作用，見到效果，而且可長期均衡地供給作物營養。

二、微生物肥料適宜的施用時間是清晨和傍晚或無雨陰天，可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。

三、微生物肥料應避免在高溫干旱條件下使用。在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。要結合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。

四、微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用，但應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的農家肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。

五、微生物肥料應避免與農藥同時使用?；瘜W農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物，不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。

六、微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，因為包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生改變，影響使用效果。

七、由于微生物肥料是由活的微生物起作用，所以必須在有效期內使用。